Карл Гегенбаўр (ням.: Karl Gegenbaur; 21 жніўня 1826, Вюрцбург — 14 чэрвеня 1903, Гайдэльберг) — нямецкі вучоны, класік параўнальнай анатоміі[ru], перакананы прыхільнік тэорыі эвалюцыі Чарльза Дарвіна.
Карл Гегенбаўр нарадзіўся ў баварскім горадзе Вюрцбургу. З 1845 вывучаў медыцыну, надаючы асаблівую ўвагу анатоміі, пад кіраўніцтвам Кёлікера[ru] і Вірхава ў Вюрцбургскім універсітэце. Быў асістэнтам, а затым прафесарам у Вюрцбургу і Енскім універсітэце. Працаваў таксама ў Гайдэльбергскім універсітэце, дзе яму асісціраваў Георг Ругэ. Пры ўніверсітэце Гайдэльберга ён выконваў абавязкі дырэктара анатамічнага інстытута да сваёй адстаўкі ў 1901 годзе.
Карл Гегенбаўр належыць да ліку найбольш выдатных даследчыкаў у галіне параўнальнай анатоміі. Вельмі істотнае значэнне мелі яго даследаванні па пазваночнай тэорыі чэрапа, якімі ён разам з Томасам Генры Хакслі расхістаў устояную у той час пазваночную тэорыю чэрапа Лорэнца Окена[ru] і Гётэ і ўсталяваў асновы для сучаснай пастаноўкі гэтага пытання і тэорыю канечнасцей, так званую тэорыю архіптэрыгія, якая хоць і не можа лічыцца прынятай у цяперашні час, але мела вялікае значэнне ў гісторыі распрацоўкі пытання аб паходжанні канечнасцей у пазваночных жывёл.