Паўночная Македонія размешчана на Балканскім паўвостраве на паўднёвым усходзе Еўропы. Каардынаты: 41°50’ паўночнай шыраты, 22°00’ усходняй даўгаты.
Геаграфічная вобласць Македонія падзеленая цяпер паміж трыма краінамі — яе паўднёвая частка, амаль палова ўсёй тэрыторыі, Эгейская Македонія, уваходзіць у склад Грэцыі; усходнія землі — Пірынская Македонія — прыналежаць Балгарыі, а Паўночная Македонія раскінулася на поўначы і захадзе, у даліне ракі Вардар.
Паўночная Македонія займае парадку 35,8 % плошчы гістарычнай Македоніі (52,4 % знаходзіцца на тэрыторыі сучаснай Грэцыі). Яе агульная плошча — 25 333 км2.
Агульная працягласць мяжы — 748 км, працягласць межаў з Албаніяй — 151 км, Балгарыяй — 148 км, Грэцыяй — 228 км, Сербіяй — 221 км.
На большай частцы тэрыторыі размяшчаюцца хрыбты сярэдневысокіх горных сістэм Скопска Чорная Гара, Пінд (вышэйшая кропка — г. Кораб (2753 м) і Пірын, падзеленых шырокімі межгорнымі катлаванамі. Адзін ад іншага горныя хрыбты адлучаюць даліны рэк Вардар і Струміца, якія працякаюць праз усю краіну. На паўднёвым захадзе размешчаныя часткова належныя Македоніі буйныя азёры Ахрыдскае і Прэспа, а на паўднёвым усходзе — буйнае Дойранскае возера.
Рэгіён сейсмічна актыўны, землетрасенні даволі моцныя. У выніку апошняга, якое адбылося ў 1963, быў моцна разбураны горад Скоп’е.
Сталіцай рэспублікі і самым буйным яе горадам з’яўляецца Скоп’е (насельніцтва 600 тыс.). Іншыя буйныя гарады — Бітала, Куманава, Прылеп і Цетава (насельніцтва 50 — 100 тыс.).