Пасада прэзідэнта Рэспублікі Інданезія (індан.: Presiden Republik Indonesia) была ўведзена ў 1945 годзе адначасова з абвяшчэннем незалежнасці краіны.
Першы прэзідэнт Сукарна разам з віцэ-прэзідэнтам Махамадам Хата быў абраны 18 жніўня 1945 года на пасяджэнні Даследчага камітэта па падрыхтоўцы інданэзійскай незалежнасці, у адпаведнасці з распрацаванай Даследчым камітэтам канстытуцыяй краіны. Паводле першапачатковага тэксту канстытуцыі, прэзідэнт з’яўляўся адначасова кіраўніком дзяржавы і ўрада, аднак 14 лістапада была уведзена пасада прэм’ер-міністра, які атрымаў частку паўнамоцтваў прэзідэнта.
У 1950 годзе была прынятая новая часовая канстытуцыя Інданэзіі, згодна з якой паўнамоцтвы прэзідэнта значна скарачаліся, фактычна пасаду прэзідэнта стала цырыманіяльнай. Аднак 9 ліпеня 1959 года прэзідэнт Сукарна сваім указам аднавіў дзеянне канстытуцыі 1945 года з некаторымі зменамі, у адпаведнасці з якой прэзідэнт, які выбіраецца Народным кансультатыўным кангрэсам (НКК — вышэйшым заканадаўчым органам Інданэзіі), атрымаў значныя паўнамоцтвы. Ён стаў кіраўніком дзяржавы, урада, вярхоўным галоўнакамандуючым узброеныя сіламі, атрымаў права распускаць парламент у любы час, а таксама прызначаць яго дэпутатаў.
18 мая 1963 года НКК выбраў Сукарна пажыццёвым прэзідэнтам Інданезіі. Пасля спробы дзяржаўнага перавароту, зробленай групай афіцэраў 30 верасня 1965 гады, улада пачала пераходзіць да генерала Сухарта, які сыграў вялікую ролю пры падаўленні гэтага бунту. У 1966 годзе НКК пазбавіў Сукарна тытула пажыццёвага прэзідэнта, а 12 сакавіка 1967 года абраны замест яго на пасаду прэзідэнта Сухарта.
У перыяд праўлення Сухарта прэзідэнт, у адпаведнасці з канстытуцыяй, абіраўся НКК на пяць гадоў разам з віцэ-прэзідэнтам. У 2004 годзе былі прынятыя папраўкі ў канстытуцыю, згодна з якімі прэзідэнт абіраецца разам з віцэ-прэзідэнтам на пяць гадоў на свабодных выбарах.
Цяперашні прэзідэнт Інданэзіі — Джока Відода (абраны ў 2014 годзе).