Для зручнасці прэфектуры Японіі часта групуюць у рэгіёны. Гэтыя рэгіёны склаліся гістарычна, яны не маюць адміністрацыйнага апарата і не з’яўляюцца адміністрацыйнымі адзінкамі. Напрыклад, карты і падручнікі геаграфіі дзеляць Японію на восем рэгіёнаў, прагнозы надвор’я звычайна паказваюць надвор’е паводле рэгіёнаў, і шматлікія арганізацыі ўключаюць назву рэгіёну ва ўласную назву (Чыгунка Кінкі Ніпон, Банк Цюгоку, Універсітэт Тахоку і г.д.). Нягледзячы на тое, што ў Японіі ёсць восем вышэйшых судоў, іх зоны юрысдыкцыі не адпавядаюць рэгіёнам.
Традыцыйныя рэгіёны Японіі з поўначы на поўдзень:
Кожны рэгіён акрамя Хакайда ўтрымлівае некалькі прэфектур. Хакайда ўтрымлівае толькі адну прэфектуру Хакайда.