Дыпламатычныя адносіны паміж Рэспублікай Беларусь і Японіяй устаноўлены 26 студзеня 1992 года. Са студзеня 1993 года функцыянуе Пасольства Японіі ў Мінску. У чэрвені 1995 года адкрыта Пасольства Беларусі ў Токіа. Трагічная роднаснасць дзвюх дзяржаў звязана з тым, што і Беларусь, і Японія моцна пацярпелі ад радыяцыі. Тым не менш, за 27 гадоў афіцыйныя сустрэчы адбываліся на ўзроўні максімум дэпутатаў парламентаў, саветнікаў і намеснікаў міністраў замежных спраў.
У чэрвені 2004 года была заснавана Асацыяцыя дружбы і парламенцкіх сувязей з Рэспублікай Беларусь Палаты прадстаўнікоў японскага парламента. Кіраўніком Асацыяцыі з’яўляецца дэпутат Е. Аона. Пачынаючы з 2000 года, праведзена сем раўндаў беларуска-японскіх кансультацый паміж МЗС, апошні з якіх адбыўся ў снежні 2009 года.
З кожным годам пашыраецца міжрэгіянальнае супрацоўніцтва: на 2018 гэта Мінская вобласць — прэфектура Міягі, Магілёўская вобласць — прэфектура Осака, гарады Мінск і Сэндай, Шклоў і Такеа, Нясвіж і Сіраісі). У гонар Сэндая ў Мінску быў разбіты Сэндайскі сквер[1].
У 2018 беларускія візы атрымала каля 1100 японцаў, што стала рэкорднай колькасцю.
У 2017 годзе горад Мінск быў афіцыйна ўключаны ў спіс гарадоў, дзе праводзіцца Nihongo Nōryoku Shiken. Арганізатарам правядзення экзамену ў Мінску з’яўляецца Арганізацыйны камітэт па правядзенню Nihongo Nōryoku Shiken у Беларусі, і рэалізацыя праекта ажыццяўляецца пры падтрымцы Асацыяцыі выкладчыкаў японскай мовы Беларусі. У Мінску экзамен Nihongo Nōryoku Shiken праводзіцца адзін раз на год, у першую нядзелю ліпеня.