Тапонім Уагадугу ўзыходзіць да 15 стагоддзя, калі ў гэтых месцах качавалі плямёны жывёлагадоўцаў Нінсі. Яны знаходзіліся ў стане перманентнай грамадзянскай вайны да 1441 года, калі Вубры (англ.: Wubri), важная постаць у гісторыі Буркіна-Фасо, прывёў да перамогі сваё племя. Ён змяніў старую назву мясцовасці «камбій-тэнге» на «Вугудугу», што азначае «месца, дзе людзі заваявалі славу і пашану». Уласна слова Уагадугу (фр.: Ouagadougou) з’явілася ў выніку ўплыву французскай арфаграфіі, якая атрымала распаўсюд у былых французскіх калоніях ў Паўночнай Афрыцы.