Пепсі́н (стар.-грэч.: πέψις — страваванне) — пратэалітычны фермент страўнікавага соку жывёл і чалавека, які ажыццяўляе расшчапленне бялкоў. Малекулярная маса каля 35 000.
Утвараецца ў страўніку ў выглядзе неактыўнага пепсінагену, актывуецца пад уплывам салянай кіслаты страўнікавага соку.
Пепсін гідралізуе пептыдныя сувязі ў бялках і пептыдах з утварэннем больш простых пептыдаў і свабодных амінакіслот.
Прэпарат пепсіну ўжываюць пры хваробах страўнікавага тракту.