Паўднёва-Сахалінская Апостальская Прэфектура (лац.: Apostolica Praefectura Sachaliniana Meridionalis) — адміністрацыйна-тэрытарыяльная адзінка Рымска-Каталіцкай Царквы з цэнтрам у горадзе Южна-Сахалінск (Сахалінская вобласць, Расія), у якую ўваходзіць паўднёвая частка вострава Сахалін і Курыльскія астравы. Падпарадкоўваецца непасрэдна Святому Прастолу.
Паўднёва-Сахалінская Апостальская прэфектура была створана 18 ліпеня 1932 года брэвэ «Настойліва з намі» (лац.: Cum Nos instanter)[2] Папы Рымскага Пія XI, які вылучыў яе з Апостальскага вікарыята Сапара (цяпер — дыяцэзія Сапара). Першапачаткова Паўднёва-Сахалінская прэфектура мела назву «Апостальская прэфектура Карафута». Назва Карафута звязана з тым, што ў 1845 годзе Японія ў аднабаковым парадку абвясціла свой суверэнітэт над усім востравам Сахалінам, які па-японску назваўся Карафута. У 1932 годзе на востраве была створана каталіцкая місія «Sui iuris Karafutoensis», якая стала абслугоўваць каталікоў-японцаў, якія пражывалі на Сахаліне. 21 мая 1938 года, калі паўднёвая частка Сахаліна належала Японіі, місія «sui iuris Karafutoensis» была ператворана ў Апостальскую прэфектуру Карафута.
Пасля перадачы паўднёвай часткі Сахаліна СССР, Апостальская прэфектура Карафута захавала сваю назву, хоць фактычна спыніла сваё існаванне. Пасля аднаўлення Каталіцкіх структур у Расіі захаванне за прэфектурай японскай назвы выклікала негатыўнае стаўленне дзяржаўных органаў Расійскай Федэрацыі. Глава дыяцэзіі Святога Іосіфа епіскап Ежы Мазур меў тытул «ардынарый дыяцэзіі Святога Іосіфа і адміністратар Карафута». МЗС Расіі расцаніў выкарыстанне ў тытуле біскупа Ежы Мазура японскай назвы вострава Сахаліна як недружалюбны акт і ўмяшанне ва ўнутраныя справы Расіі з боку Святога Прастола[3] што прывяло да таго, што грамадзянін Польшчы біскуп Ежы Мазура быў абвешчаны «persona non grata». У сувязі з гэтым 10 красавіка 2002 года Ян Павел II пераназваў Апостальскую прэфектуру Карафута ў Паўднёва-Сахалінскую Апостальскую прэфектуру.[4]