Карл Вільгельм Купфер (ням.: Karl Wilhelm von Kupffer, лат.: Kārlis Vilhelms Kupfers; 2 (14) лістапада 1829, Лестэн (сучасная Латвія) — 16 снежня 1902, Мюнхен (Германія)) — нямецкі анатам, гістолаг.
Нарадзіўся ў Курляндыі, вывучаў медыцыну ў Дэрпце, дзе быў вучнем знакамітага Фрыдрыха Бідэра. У 1854 годзе стаў доктарам медыцыны. З 1856 па 1866 год — празектар і экстраардынарны прафесар у Дэрпцкім універсітэце. У 1866—1876 гадах — ардынарны прафесар у Кілі, у 1876—1880 — у Кёнігсбергу, а з 1880 года — у Мюнхене. Купфер напісаў шмат прац па апісальнай і параўнальнай анатоміі. Асабліва вядомыя яго даследаванні, праведзеныя сумесна з Бідэрам, аб будынку спіннога мозгу і інш.
У гонар Купфера названы клеткі Купфера — спецыялізаваныя макрофагов печані, асноўнай функцыяй якіх з’яўляецца захоп і перапрацоўка старых нефункцыянальных клетак крыві.
Атрымаў званні рыцара Karl Wilhelm Ritter von Kupffer (1889).