Джон Флэнэген (англ.: John Jesus Flanagan; 9 студзеня 1873 — 3 чэрвеня 1938) — амерыканскі лёгкаатлет, трохразовы чэмпіён летніх Алімпійскіх гульняў.
Джон Флэнэген нарадзіўся 9 студзеня 1873 года ў Ірландыі і пазней эміграваў у ЗША — пачаў служыць у паліцыі і заняўся кіданнем молата. Ён сем разоў выйграваў чэмпіянат ЗША, а ў 1900 годзе стаў першым алімпійскім чэмпіёнам у гэтай дысцыпліне на летніх Гульнях у Парыжы, дзе, акрамя таго, заняў сёмае месца ў кіданні дыска.
На наступнай Алімпіядзе, якая прайшла ў Сент-Луісе, Флэнэген абараніў тытул чэмпіёна; разам з гэтым выйграў сярэбраны медаль у кіданні вагі ў 56 фунтаў і заняў чацвёртую пазіцыю ў кіданні дыска. На летніх Алімпійскіх гульнях 1908 у Лондане Флэнэген стаў адзіным трохразовым чэмпіёнам у сваёй любімай дысцыпліне. Акрамя гэтага, ён быў дзявятым у кіданні дыска і разам са сваёй камандай спыніўся на чвэрцьфінале турніру па перацягванні ліны.
Пасля завяршэння спартыўнай кар’еры Флэнэген вярнуўся ў Ірландыю і пражыў там да сваёй смерці 3 чэрвеня 1938 года.