Сцяг Босніі і Герцагавіны зацверджаны 4 лютага 1998 года.
Гэты сцяг Босніі і Герцагавіны быў адзін з трох, прадстаўленых парламенту, прызначанай адмысловым прадстаўніком ААН. Усе сцягі выкарыстоўвалі адныя і тыя ж колеры: блакітны — колер Арганізацыі Аб’яднаных нацый, але ён быў заменены на больш цёмны. Зоркі ўяўляюць Еўропу. Трохкутнік сімвалізуе тры асноўныя групы насельніцтва краіны (мусульманаў, харватаў і сербаў) і абрысы краіны на карце.
Пасля Дэйтанскага пагаднення ўзнікла пытанне выбару новага сцяга краіны. Гэта было выклікана незадаволенасцю выкарыстаннем сімволікі Рэспублікі Боснія і Герцагавіна з боку сербаў і харватаў, якая, як яны лічылі прадстаўляе толькі мусульман. У ліку іншых былі прадстаўлены наступныя варыянты:
Праект 1«Чэшскі ўзор» — сцяг накшталт сцяга Чэхіі, колеры якога адлюстроўваюць 3 асноўныя нацыі Босніі і Герцагавіны. Праект 2Галіна лаўра на светла-блакітным фоне, галіна лаўра і колер сцяга сімвалізуюць Арганізацыю Аб’яднаных Нацый. Праект 3Контуры краіны на светла-блакітным фоне. Праект 4Чырвона-бела-сіні сцяг, накшталт сцяга Рэспублікі Конга, з картай краіны ў акружэнні зорак на белай паласе. Праект 5Праект, які пасля стаў афіцыйным сцягам Босніі і Герцагавіны, таксама падчас выбару парламентам сцяга, альтэрнатыву яму складалі праект 6 і праект 7.