У Эстоніі апошняе пакаранне адбылося 11 верасня 1991 года, праз месяц пасля атрымання Эстоніяй незалежнасці. У апошні асуджаным да смяротнага пакарання, прысуд над якім былі выкананы, стаў Рэйн Орустэ, вінаваты ў падвойным забойстве. Ён здзейсніў 18 злачынстваў. Ён быў застрэлены ў патыліцу ў Батарэйнай турме.
З 1935 да 1940 года, калі Эстонія была ўключана ў склад Савецкага Саюза, асобы, асуджаныя грамадзянскімі судамі да смяротнага пакарання, мелі права выбіраць спосаб смерці: самагубства (выпіць яд) або павешанне. Гэтая працэдура так апісана ў Крымінальна-працэсуальным кодэксе, які ўступіў у сілу з 1 лютага 1935: “За адну гадзіну да запланаванага часу выканання прысуду асуджанага адводзяць у камеру смяротнікаў, дзе дзяржаўны абвінаваўца чытае смяротны прысуд і пытаецца асуджанага, ці ён хоча скончыць жыццё самагубствам. У выпадку сцвярджальнага адказу пракурор перадае асуджанаму шклянку з атрутай, якая была вызначана Нацыянальным саветам па ахове здароўя. Калі асуджаны не прыме яд на працягу пяці хвілін, яго павінны павесіць”[1]. Ваенныя страты прадугледжвалі расстрэл у выкананні васьмі чалавек.
Смяротнае пакаранне было цалкам адменена ў Эстоніі 18 сакавіка 1998 года.