Аддзел фізіялогіі і сістэматыкі ніжэйшых раслін АН БССР быў створаны ў 1958 годзе з аднайменнага аддзела (існаваў з 1953) Інстытута біялогіі АН БССР. Заснавальнікам і кіраўніком аддзела амаль на працягу ўсяго перыяду існавання быў акадэмік Васіль Феафілавіч Купрэвіч.
У 1972 Аддзел у складзе трох лабараторый цалкам увайшоў у склад Інстытута эксперыментальнай батанікі АН БССР.