Мальтыйская капэла — каталіцкая царква ордэна мальтыйскіх рыцараў, пабудаваная Джакама Кварэнгі ў канцы XVIII стагоддзя. Капэла ўваходзіць у архітэктурны комплекс Варанцоўскага палаца ў Санкт-Пецярбургу (прыбудавана да галоўнага корпуса палаца з боку саду).
Варанцоўскі палац быў узведзены архітэктарам Б. Ф. Растрэлі ў 1749—1757 гадах для канцлера графа М. І. Варанцова. На будаўніцтва і аздабленне палаца спатрэбіліся вялікія капіталаўкладанні, у 1763 годзе граф Варанцоў за даўгі быў вымушаны саступіць яго расійскай казне. Да 1770 года будынак пуставаў, а пазней пачаў выкарыстоўвацца як гасцявы дом. У розны час палац займалі прынц Генрых Прускі, прынц Насау-Зіген і граф І. А. Астэрман. Пасля ўсшэсця на трон Паўла I і прыняцця ім тытула пратэктара, а затым і Вялікага Магістра Мальтыйскага ордэна Варанцоўскі палац быў прадастаўлены мальтыйскім рыцарам, якія былі вымушаныя шукаць прытулку пасля захопу Напалеонам Банапартам вострава Мальта ў 1798 годзе.
У 1798—1800 гадах прыдворны архітэктар Джакама Кварэнгі прыбудаваў да галоўнага корпуса Варанцоўскага палаца Мальтыйскую капэлу (капліцу). 17 чэрвеня 1800 года арцыбіскуп Магілёўскі Станіслаў Іванавіч Богуш-Сестранцэвіч асвяціў царкву.
Пасля смерці Паўла I яго пераемнік Аляксандр I адмовіўся ад звання Вялікага Магістра ордэна, захаваўшы тытул яго пратэктара. У 1803 годзе Аляксандр I склаў з сябе званне пратэктара, а ў 1817 годзе было абвешчана, што «ордэн у Расійскай імперыі больш не існуе».
З 1810 па 1918 год у Варанцоўскім палацы размяшчаўся Пажаскі корпус. Мальтыйская капэла была захавана як каталіцкі храм і адкрыта для наведванняў супрацоўнікамі пасольстваў і місій, а таксама членамі імператарскай сям’і.
У 1853 годзе тут быў пахаваны папячыцель царквы герцаг Лейхтэнбергскі, зяць імператара Мікалая I і самы высокапастаўлены каталік Расіі. У заалтарнай часткі капэлы была прыбудаваны прыбудоўка, пад якой быў уладкаваны склеп. Па волі жонкі герцага, вялікай княгіні Марыі Мікалаеўны, у прыдзеле быў адноўлены інтэр’ер дамавой малельні герцага, якая знаходзілася ў Марыінскім палацы.
У мальтыйскай капэле неаднаразова праводзіліся рамонтныя і рэстаўрацыйныя працы. Апошняя рэстаўрацыя царквы праведзена пад кіраўніцтвам архітэктара С. В. Самусенкі ў 1986—1998 гадах. У канцы 2002 года ў капэле, адрэстаўраванай па ініцыятыве начальніка Сувораўскага вучылішча генерала В. М. Скоблава, адкрыўся Музей гісторыі кадэцкіх карпусоў Расіі.