Кыргызстан упершыню ўдзельнічаў на Алімпійскіх гульнях як незалежная дзяржава ў 1994 годзе на зімовай Алімпіядзе ў Лілехамеры. У 1992 годзе кыргызстанскія спартсмены ўваходзілі ў склад Аб’яднанай каманды.
Нацыянальны алімпійскі камітэт Кыргызскай Рэспублікі заснаваны ў 1991 годзе, ў 1993 годзе ён быў прызнаны Міжнародным алімпійскім камітэтам.