Ме́тад Цы́ля-Ні́льсена — метад афарбоўкі мікраарганізмаў, які выкарыстоўваецца ў мікрабіялогіі для вызначэння іх кіслотаўстойлівасці ці кіслотападатлівасці. У медыцынскай практыцы гэткім метадам часцей за ўсё афарбоўваюць мікабактэрыі. Распрацаваны Францам Цылем і Фрыдрыхам Нільсенам у 1883 годзе.