4-га лістапада 1995 года Арменія і Францыя падпісваюць пагадненне пра культурную, навуковую і тэхнічную супрацу. 23-га лістапада 1998 года падпісваецца пратакол паміж Міністэрствам адукацыі і навукі РА і Пасольствам Францыі ў Арменіі. «Улічваючы патрэбу ўдасканалення сістэмы адукацыі, і жадаючы скарыстацца багатым досведам у вобласці рэалізацыі праграм вышэйшай і прафесійнай адукацый», Урад Арменіі вырашае браць удзел у стварэнні фонду «Французскі ўніверсітэт у Арменіі». Універсітэт быў створаны ў 2000 годзе.
Адпачатку сваёй дзейнасці ўніверсітэт паводзіўся педагагічным прынцыпам выдачы двух дзяржаўных дыпломаў — армянскага і французскага ўзораў (бакалаўра і магістра). Працягласць навукі ў бакалаўрыяце — 4 гады, бо армянскія ўніверсітэты знаходзяцца на пераходным этапе далучэння да Балонскага працэсу. У магістратуры працягласць навукі — 2 года.
Універсітэт, які мае каля 1000 студэнтаў, мае на мэце падрыхтаваць высакакласных спецыялістаў, якія адпавядаюць новым вымогам рынку працы Арменіі і каўказскага эканамічнага рэгіёна. Маладыя выпускнікі ФУА скарыстаюць свае веды ў выгоду развіцця Арменіі, для ўмацавання адносін паміж Арменіяй і Францыяй, а таксама Еўропай. Кожны год каля 70 % выпускнікоў адразу па сканчэнню навукі прымаюцца на працу па спецыяльнасці, некаторыя працягваюць навуку за мяжой, а праз 3 гады пасля сканчэння гэты адсотак даходзіць амаль да 100.
ФУА, які з’яўляецца фондам паводле армянскага заканадаўства, карыстаецца падтрымкай улад Арменіі. Галоўны сакратар Міністэрства замежных спраў Арменіі з’яўляецца выкладнікам універсітэта. Старшыня савета апекуноў з’яўляецца сакратаром Савета Нацыянальнай Бяспекі (4-ая асоба ва ўладзе). Ён таксама з’яўляецца адным з заснавальнікаў універсітэта. Большасць дзяцей высокапастаўленых урадоўцаў аддаюць перавагу атрымваць адукацыю ў ФУА.
ФУА цесна супрацоўнічае з іншымі ўніверсітэтамі, што робяць у Арменіі, з кожным днём усё больш умацоўваючы свую наяўнасць у армянскім універсітэцкім жыцці.
ФУА — вылучная ўстанова. У адрозненне ад іншых устаноў, што прысуджаюць французскі дыплом, такіх як універсітэт г. Каір, дзе толькі прарэктар з’яўляецца грамадзянінам Францыі, і франкафоннага Інстытута Інфарматыкі г. Ханой, у Французскім універсітэце ў Арменіі, паводле Статута, рэктарам і галоўным сакратаром павінны быць грамадзяне Францыі. Пачынаючы з 2009 г. паводле рашэння Міністэрствы вонкавых і еўрапейскіх спраў Францыі, ва ўніверсітэце працуе таксама міжнародны валанцёр.