Горад быў заснаваны фінікійцамі пад назвай Русадзір. Потым гэта фінікійская калонія была заваяваная Карфагенам, а пазней Рымам. Пад арабскае панаванне горад трапіў у VII стагоддзі. У 1497 годзе горад занялі іспанцы. Некалькі стагоддзяў горад заставаўся невялікім іспанскім умацаваннем. Росквіт наступіў у 1880 годзе.
З 1921 да 1926 года Мелілья была акупаваная паўстанцамі пад кіраўніцтвам Абд аль-Крыма.
У 1995 годзе Мелілья атрымала статус аўтаноміі.